Forcés de manger des excréments de chauves-souris, les chimpanzés pourraient transmettre des virus mortels aux humains

Titre : Contraints de manger des excréments de chauve-souris, les chimpanzés pourraient transmettre des virus mortels aux humains

Il y a sept ans, un jour ensoleillé dans la réserve forestière de Budongo en Ouganda, des chercheurs ont été surpris d'observer des chimpanzés ramasser des excréments de chauve-souris secs sous un arbre creux et les manger. En 60 ans d'observations à Budongo, personne n'avait jamais rien vu de tel, se souvient le vétérinaire épidémiologiste Tony Goldberg de l'Université du Wisconsin-Madison. "Mis à part le facteur 'gloups', nous avons tous eu exactement la même pensée", dit-il. "Ils doivent être exposés à des virus horribles portés par les chauves-souris."

Cette suspicion s'est avérée correcte. Bien que les excréments de chauve-souris soient riches en nutriments, ils contiennent des dizaines de virus inconnus auparavant, rapportent Goldberg et ses collègues aujourd'hui dans Communications Biology. Ces nouveaux agents pathogènes comprennent un nouveau coronavirus - un parent de celui qui cause la COVID-19.

Les chercheurs ont découvert une "voie totalement sous-estimée" par laquelle de nouveaux virus pourraient potentiellement se propager des chauves-souris à d'autres mammifères, y compris les humains, déclare l'évolutionniste biologiste Pascal Gagneux de l'Université de Californie San Diego, qui n'a pas participé à l'étude. "Ces auteurs documentent un terrible 'écoseisme'."

Les épidémies de pathogènes mortels tels qu'Ebola et l'anthrax ont éclaté après que des humains soient entrés en contact avec le sang, les organes ou les fluides corporels d'animaux infectés, tels que les chimpanzés ou d'autres primates. Ebola et ses parents sont considérés comme provenant de chauves-souris en Afrique. De plus, la moitié de tous les coronavirus qui infectent les humains, y compris le SARS-CoV-2, ont sauté des chauves-souris aux humains via des hôtes intermédiaires. Cependant, la façon dont ces agents pathogènes se propagent des chauves-souris à ces animaux intermédiaires demeure floue, déclare Goldberg.

Encouragés par leur observation, les collègues de Goldberg ont installé une caméra dans l'arbre où les chimpanzés mangeaient le guano et ont mangé. (Ils avaient également reniflé l'intérieur du trou de l'arbre où les chauves-souris vivaient, inhalant probablement plus de virus.) L'équipe a constaté que les chimpanzés n'étaient pas seuls à se nourrir du guano, qui provenait d'une colonie de chauve-souris Noack's roundleaf qui nichent dans l'arbre. Au cours de deux ans, les singes ont mangé du guano au moins 92 fois, 71 jours différents, confirmant le premier rapport de primates sauvages mangeant de la guano de chauve-souris. Les singes colobes noirs et blancs se sont également nourris de guano 65 fois, et les duikers rouges l'ont léché 682 fois. Au moins une personne non identifiée (probablement un agriculteur local, selon les chercheurs) a collecté du guano - comme en témoigne un bâton de ramassage trouvé sur place - peut-être pour l'utiliser comme engrais.

Lorsque Goldberg et ses collègues ont analysé le guano, ils ont découvert qu'il était riche en minéraux diététiques essentiels tels que le sodium, le potassium, le magnésium et le phosphore. Ordinairement, les chimpanzés et d'autres animaux de la région obtiennent ces minéraux en mangeant la moelle de la raffia palm (Raphia farinifera). Cependant, de 2006 à 2012, les fermiers locaux ont pratiquement éteint la palmier, lorsqu'en réponse à un pic de la demande internationale de tabac, ils ont fabriqué de la ficelle à partir des feuilles de la palme pour lier les feuilles de tabac pour le séchage.

Lorsque le palmier a disparu, les chimpanzés, les singes et les antilopes ont dû chercher d'autres sources de ces nutriments, y compris en mangeant de l'argile et de la bouse de chauve-souris, concluent les chercheurs. Lorsqu'il s'agit de remplacer des minéraux essentiels menacés par la déforestation, Goldberg dit : "Nous nous demandons ce que les autres animaux font."

Cette subsistance était chargée de pathogènes. En analysant l'ARN et l'ADN dans le guano, Goldberg et ses collègues ont détecté 27 virus inconnus auparavant, y compris un coronavirus inconnu précédemment nommé Buhirugu virus 1.

Pour voir si ce virus pouvait infecter les humains ou d'autres mammifères, les chercheurs ont envoyé les données génétiques à Kimberly Bishop-Lilly, une scientifique en génomique des maladies infectieuses au Naval Medical Research Command. L'équipe de Bishop-Lilly a utilisé les séquences d'ADN pour prédire la structure de protéine du virus - un indice de savoir s'il peut s'arrimer à quatre récepteurs connus que d'autres coronavirus utilisent pour pénétrer dans les cellules. Le nouveau coronavirus ne semble pas utiliser ces récepteurs connus, déclare Goldberg, de sorte que les scientifiques ne peuvent pas prédire s'il est infectieux pour les humains.

Cependant, le nouveau travail révèle un chemin important pour la transmission des virus des animaux aux humains, déclare Fabian Leendertz, un épidémiologiste moléculaire à l'Institut Helmholtz pour la santé à un. "Cela montre à quel point nous comprenons mal les chaînes alimentaires dans ces écosystèmes complexes", dit-il.

Leendertz souhaite que l'équipe ait analysé les excréments de chimpanzés ainsi que le guano de chauve-souris pour confirmer qu'ils avaient ingéré des virus qui passaient par leur intestin et persistaient suffisamment longtemps pour pouvoir infecter potentiellement. Il aurait également aimé voir l'équipe de Goldberg comparer les excréments de chimpanzés mangeant du guano de chauve-souris avec des crottes de chimpanzés en 2011. Cela pourrait aider à confirmer que la disparition des palmiers est ce qui a entraîné le changement de régime, dit-il.

Le travail pourrait révéler une nouvelle façon dont les virus de chauve-souris peuvent être transmis à une nouvelle espèce, note Gagneux. Comme d'autres voies de transmission suspectées, telles que les chimpanzés jouant dans des grottes de chauve-souris ou mangeant des fruits des mêmes arbres que d'autres animaux malades, il dit, se nourrir de guano produit le genre d'exposition répétée, fréquente qui augmente les chances qu'un virus ait plus de chances de s'adapter et de muter pour infecter un hôte nouveau.

La chaîne d'événements à Budongo montre également comment l'exploitation excessive des ressources humaines peut avoir des "implications potentiellement catastrophiques" pour les agents pathogènes émergents, dit Gagneux, en exposant des animaux à de grands nombres de virus. "Tout ce qui manque, ce sont des enfants qui trouvent un chimpanzé mort ou des adultes chassant pour la viande de brousse et le pont pour l'émergence d'un nouveau virus est complet."

doi : 10.1126/science.zzx18k8

URL : <https://www.science.org/content/article/forced-eat-bat-feces-chimps-could-spread-deadly-viruses-humans>

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